Jestli je ten obrázek někde úplně průhledný a někde ne použij *.gif
Jestli je ten obrázek někde ploprůhledný (např.: 50% krytí) jedině *.png ale tuto jeho vlastnost podporuje jen IE7, Mozilla, Opera a některé další chytré prohlížeče, v IE6 a starších to nejde.

Co to má solečného s PHP sem z dotazu nepochopil, jedině že by php-skript přeukládal obrázky do PNG z jiných formátů ale ty kromě GIFu nemají žádnou průhlednost, takže nechápu co to má sploečného s PHP.