to si pleteš dojmy. s opravnou instalací jen přijdeš o stažené aktualizace windows, protože budou přepsány verzí z instalačního cd. aplikace zůstanou funkční.
ale pokud máš v registrech chybu v asociacích .exe, opravná instalace ji nemusí zrušit. zkus nejdřív z jiných w2000 vyexportovat klíč pro HKEY_CLASSES_ROOT\.exe, a ten u sebe naimportovat.