Záleží, jakým máš vztah k tomu, pro nějž program děláš. Jestli si tě najme, tak zpracováváš jeho vlastnictví a vše, co pro něj uděláš, bude jeho, neb ti platí za práci. Pokud však má zájem o hotový produkt, tak mu můžeš buď prodat celý produkt i s právy, nebo mu prodáš jen licenci na používání.
Tedy - buď pro něj makáš, nebo mu prodáváš až hotový produkt.

prace je na "Dohodu o provedeni praci", nebo klasicky fakturovana

Z tohoto si můžeš vybrat oboje. A pak záleží na tom, jak moc je chtivej tvůj zákazník. Jestli seš živnostník, můžeš mu to prodat. Nevím, jak může soukromá osoba dělat kšefty, to je otázka pro nějakýho účetního.