Pretoze ten stary si mal asi nastaveny v BIOSe ako bootovaci a instalator dava pri instalacii bootsektor a nt loader (subor ntldr) logicky na ten disk ktory je bootovaci.

P.S. problem by sa mal dat vyriesit aj dodatocne z instal.cd - konzola pre zotavenie, a skusit prikazy fixmbr a fixboot, ked je tam len ten jeden disk. Prip. aj nakopirovat subory z rootu toho stareho disku na novy.
Je ale lepsie na to myslit uz pred instalaciou Win a nastavit spravne bootovanie (prip. odpojit druhy disk) pred instalaciou Win.