TGA s kompresí RLE umí uložit freewarové programy XnView a FastStone Image Viewer. S průhledností to ovšem bude poněkud složitější:

GIF - určí se libovolná barva z palety, která bude průhledná, neumí průhledný přechod, pouze 2 stavy: průhledný, neprůhledný

PNG - u 8bitového je to stejné jako u GIFu, 32bitové PNG však umí průhlednost pomocí alfa kanálu, kde může být až 256 různých stupňů průhlednosti

TGA - průhlednost umí pouze pomocí alfa kanálu, což znamená, že nelze zvolit barvu, která bude průhledná, ale musí být vytvořen alfa kanál s informacemi o průhlednosti.

Řešilo se to již tady:
http://pc.poradna.net/q/view/363984-pruhledne-poza di-v-ps-cs3?page=r364577#r364577

Čili potřebuješ nějaký editor, který umí pracovat s alfa kanálem. Ideálně Photoshop, nebo zkusit freeware Gimp.