Vlastně mě napadá, jak to, že z W2000 FAT32 bylo vidět na HDD NTFS
a bylo možno s tím pracovat?

Nehledal bych v tom vědu. Win 2000 jako taková mají v sobě driver pro systém NTFS; je buřt na jakémže disku je systém nainstalován. Třeba taková Win NT4 (ačkoli byla vydána v roce 1996, kdy již FAT32 byl IMHO na světě a poslední Service pack byl někdy v roce 2000) driver pro FAT32 nemají; na takový oddíl je nenainstaluješ a ani ho neuvidí. Napíšou že disk je RAW a pa.