Jak připojit 2 ATA HDD ??

Obvyklé je mít disk s OS jako master.

a jeste bych se chtel zeptat na jaký konektor mám pripojit HDD s OS jestli na koncový nebo na ten který je uprostred kabelu

Tady je shrnutí:
index.php

jen doplním, že Cable Select neurčuje pozice konektoru, ale přerušení jednoho vodiče v kabelu (CSel - Master ho má přerušený). Logicky se přerušuje až ten druhý (resp. třetí, pokud počítáme i s konektorem do desky) konektor. Existují ale kabely, které ono přerušení nemají (bývá cca 1 cm za prostředním konektorem, přibližně uprostřed šířky kabelu, žíla je tam vyseknuta na cca 1 mm).

Pokud je správný kabel, naopak toto zapojení doporučuju, protože je univerzální a velmi dobře použitelné např. pro šuplíky na HDD.

je obvyklým fórem že se podaří zformátovat disk s daty. zkus si aspoň starý disk pojmenovat.
taky je možné dosavadní disk na dobu instalace odpojit.
a nakonec - hodně záleží na tom, jak ty disky budeš chtít nakonec provozovat - jestli oba najednou, (nový) systémový disk by měl být vidět jako první - jinak ti může instalátor umístit startovací soubory na starý disk, a systém na nový - čili na pořadí opravdu záleží.

u starých ide disků to zařídíš: nový disk na první kanál řadiče, jako master. v biosu nastavit boot z něj.