je obvyklým fórem že se podaří zformátovat disk s daty. zkus si aspoň starý disk pojmenovat.
taky je možné dosavadní disk na dobu instalace odpojit.
a nakonec - hodně záleží na tom, jak ty disky budeš chtít nakonec provozovat - jestli oba najednou, (nový) systémový disk by měl být vidět jako první - jinak ti může instalátor umístit startovací soubory na starý disk, a systém na nový - čili na pořadí opravdu záleží.

u starých ide disků to zařídíš: nový disk na první kanál řadiče, jako master. v biosu nastavit boot z něj.