Máš dvě možnosti: Buď musíš nastavení i použití proměnné vyřídíš v jednom dosovském okně (tedy jednou dávkou), nebo tu proměnnou pošleš ve vhodném tvaru do vhodného souboru (např. .bat), který se postará o pozdější použití. Např. to může vypadat takto (písmena jednotek nebudu vypisovat všechny):

for %%f in (Z Y X V ... E D C) do if exist %%f:\Winbom.ini echo set CDDrive=%%f:>C:\CDDrive.bat