pro legraci by šlo vyzkoušet, jestli nepomůže zabití skype při ukončení:

taskkill /f /im skype.exe
shutdown -s -f -t 0

obsah si ulož jako textový soubor na plochu, přejmenuj třeba na vypnout.bat (jistě máš zapnuto zobrazování přípon), a zkus na něj 2x kliknout.
bacha, pokud máš otevřené nějaké okno s neuloženým dokumentem, nebude se tě na nic ptát. ohleduplnější varianta ukončení je bez -f (=force):
shutdown -s -t 0