To neděláš dobře, proč nemáš komplet Windows s programy zálohované?
Stačí si v případě jednoho HDD rozdělit si ho a použít třeba free XXClone:
http://www.slunecnice.cz/sw/xxclone/
pak tě nemusí zajímat, jestli ti klekne Windows po nějakém problému.
Nastartuješ XXClone a za pár minut máš znova Win v eňo ňuňo stavu na zvoleném HDD.