normální člověk windows instaluje na ntfs, který je trochu odolný i proti chybám typu výpadek napájení.
pokud windows při zapnutí usoudí že něco na disku nebylo v pořádku, samy spustí kontrolu disku. můžeš ji pro jistotu spustit i ručně (vlastnosti disku - nástroje - kontrola - zatrhnout oboje - ok - restart).