Jistě. MediaCoder není přehrávač, ale konvertor.

1. Načíst video
2. záložka video - kopírovat video
3. záložka audio - Audio/Výběr audia/ externí soubor
4. záložka kontejner - 3gp

a převést. Program externí audio muxne (vloží) do kontejneru, takže bude jeho součástí.
Pochopitelně by bylo dobrý, aby audio už bylo předem zesynchronizovaný.