jak píšeš - vypadá to v pořádku. pokud si náhodou tvé windows ve spolupráci s biosem neoznačí za rdisk číslo 0 ten přidaný ata - v té chvíli se bootloader přepne na něj a narazí na neexistenci ntldr (a systému).
proto bych ten disk připojil radši přes externí šuplík.

není totiž problém přidat do boot.ini druhý řádek pro volbu z nového uspořádání s přidaným diskem:

...
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)\WINDOWS="moje Win XP Pro, s pripojenym ATA diskem" /noexecute=optin /fastdetect

je ale možné, že by to bylo naposled co bude tvůj systém a doinstalované aplikace funkční. jakmile xp zjistí další dostupný (naformátovaný) disk "před sebou", jebne jim a svévolně změní písmeno svého systémového disku na f: a podobně - přestane fungovat většina aplikací. jakmile ten disk zas odebereš, už to nerozchodí ani windows a zkolabují.

čili volil bych to usb, přes externí redukci/box.