Možno zbytočná otázka, ale aký súborový systém používaš? Ak FAT32, tak to nemusí byť tak závažný problém, ale ak NTFS, tak je to IMHO závažnejší hardwareový problém. NTFS je totiž tak dokonalý (v porovnaní s FAT32), že kontrolu disku pri štarte systému vyžaduje iba v špecifických prípadoch.

Edit: Aha, pardon, odpoveď tu je. Takže trvám na závažnejšom probléme. Skús vymeniť HDD (systémový a dátový). Ak problém pretrvá, tak to v HDD nemusí byť. Ak nie, tak reklamácia disku to mohla vyriešiť.