http://wiki.ubuntu.cz/ V průvodci instalací máš řešení i pro situaci kdy jsou na disku i Windows
Mně se osvědčil postup, kdy jsou na jednom oddílu nainstalovaný Windows a zbytek disku je bez oddílu- jen prázdné nenaformátované místo. Při instalaci do tohoto místa nechám instalátor Ubuntu, aby si místo rozvrhnul na oddíly a swap a naformátoval sám.