Ano, pokud je dědičnost nastavena i na tyto soubory, nemůže je program smazat, to dá rozum.

Koukám do nastavení Word 07 - své záložáky (umístění auto. obnovy) má v C:\Documents and Settings\uživatel\Data aplikací\Microsoft\Word\ čili bezpečně jinde.
U jiných programů, pokud to vyžaduje situace, ať je nastaven dočasný soubor na %tmp% kam taky patří, nebo jinam ze složky. Prostě záložák nemá co smrdět u souboru.