Asi jsem to napsal špatně, jak tak koukám. Ten příkaz na spuštění JDownloaderu by měl být ve tvaru, jak je uvedeno v tom anglickém textu:
java -jar -Xmx512M -Dsun.java2d.d3d=false JDownloader.jar
Takže se vlastně spustí Java s parametrem (vypnutí 3D) a následně se spustí program JDownloader.