Nainstalovat avisynth a zapomenout na něj.
Ve složce Avidemux je avsproxy_gui - spustit

Avisynth se ovládá skripty, tohle ovšem se podaří pokud máš enkodéry a splittery na flv a posléze na to audio (většinou to bývá v codecpaccích).

Jinak můžeš zkusit ten mediacoder a upravit jen zvuk (video-kopírovat video, audio- něco konvenčního zvolit, kontejner - flash video, popřípadě podle obsahu zvolit jiný)