Máte funkční systém na jendom disku, na druhý chcete systém instalovat - je tak?
V tom případě použijte disk s funkčním systémem a to něco, čemu říkáte "kořenový adresář" smažte z něj.
Případně nabootujte ss novým diskem z CD, a příkazem fdisk zrušte na tom novém disku oddíly.