hmmm , zkusme ho převést.

takže spojování umíš, takže si je připoj (otevřít první flv, připojit druhé, třetí čtvrté....)

Teď:
položka video ne copy, ale Mpeg4- ASP (XVID)
audio - MP3
kontejner AVI

a uložit.
-----
Taky to můžeš udělat tak, že všechny videa (kousky) takto převedeš a až potom je spojíš. Tohle bude problém se špatně detekovanou frame rate