Ne, pokud změníte úroveň zabezpečení mezi podáním žádosti a instalací vydaného certifikátu, pak hrozí, že ty dvě části nespárujete a budete muset žádat znova.
Konkrétní chyby nepíšete, takže asi neporadím - co najdete po spuštění certmgr.msc ve složce Osobní a co v Požadavek na zápis certifikátu?