jistě, pokud budeš daný skript pouštět z daného místa...
for /F "tokens=1* delims=*" %i in (soubor.txt) do @del /F "%i"
pozor na to, že ve skriptu bude třeba změnit proměnné na "%%i". Soubor.txt pak bude na každém řádku obsahovat jeden soubor i s cestou.
edit: netestoval jsem, ověř si sám pro bližší nápovědu použij for /?, popř. nápovědu Windows.