systém nenaskočí

buď z nějakého důvodu není nalezen boot.ini - neexistuje, nebo je active disk nastavený na špatnou partition,
nebo se za současného běhu obou disků, ale např. s tím že nový byl zapojen jako první, došlo k přejmenování systému na jiné písmeno než c: - prakticky to znamená krach dané instalace, můžeš ji vyhodit.

teoreticky je možné ještě nechat zapojený pouze nezničený systém - nejspíš ten nový naklonovaný, starý disk odpojit, zkontrolovat active disk a korektnost boot.ini.
pokud se start podaří a všechno bude ok, půjde naopak tuto zálohu naklonovat na původní systémový hdd.
ale vždy to chce respektovat pořadí bootovatelných disků, ať je aktivní systém na c: a nezačne sahat na druhý disk a přepisovat v registrech svoje nastavení.

edit: čili na rozdíl od josepha - win xp se zabývá písmeny kde leží systém. ne ještě ve chvíli kdy startuje ntldr, ale už musí souhlasit když pokračuje startem celého systému s načítáním obsahu registrů.
jakmile windows podstrčíš jiný primární disk který je první podle pořadí kabelů nebo nastavení v biosu - xp si tento první označí jako c:, svůj disk jako něco dalšího - a tím prakticky načítání systému krachne, protože v registrech napevno zadané cesty na c: nefungují. anebo jako u tebe se míchají dvě instalace.