Aha, takže takto už s tím asi nic neuděláš.
Jediné řešení je asi při vkládání do Photoshopu (Ctrl+C). Mělo by ti to dávat tuším 4 možnosti (nemám to teď jak vyzkoušet) a jedna z nich je Shape layer. Tato možnost automaticky vytvoří objekty pomocí klasické vektorové masky a pak to v PDF bude jako vector. Ale musel bys to asi vkládat postupně několikrát - pro každou barvu mít jednu vrstvu, je to nepříjemné, ale obávám se, že jinak to nepůjde.
Ty "smart" objekty, zase až tak "chytré nejsou"