Záložky by měly být v tvém profilu u ff2 byly jako bookmarks html a ve verzi ff3 je to cosi jiného, nejsem odborník na javu či v čem to je(ostatně nejsem na nic odborník).
Okoukni jasného páku a zkus si ty záložky najít.
To je asi to hlavní na čem záleží. Pak zkusit safe mod a nebo vytvořit nový profil.
http://jasnapakablog.mozilla.cz/329534-co-je-uziva telsky-profil-u-aplikaci-mozilla.html