Neměl jsem čas to vyřešit (nova není můj šálek kávy), ale pokud je to tím blbým frameratem, tak bych zkusil, z hlediska úspory času vyhodit mp4 kontejner a převlíknout ho do avi (mediacoder - audio: copy, video: copy, kontejner avi). S výsledným videem (patrně se rozjede i zvuk) pomocí http://www.am-soft.ru/avifrate.html (přečti si návod) hejbat s fps, tak aby bylo synchro a komplet - je to teorie, vyzkoušeno nemám.