chkdsk se dá pustit z konzoly zotavení z instalačního cd (u xp).

podle tvé hlášky mi to připadá, že jsi zkoušel poslední funkční konfiguraci. jinak nevím proč by nouzový režim s příkazovým řádkem (3.volba - stav nouze s dosem) lezl do \System Volume Information.

ale je možné, že příčinou odhlašování není nějaký záznam v autoruns v registrech, ale poškozené systémové soubory po kterých windows spadne. v tom případě by kontrola disku mohla pomoct.