můžu si daňovou evidenci vest sama do toho sešitu co se na to prodává v papírnictví a v lednu to dát účetnímu

Záleží, jak se domluvíte. Já po svých klientech nic nechci, preferuji hromadu/krabici papírů. Ono je totiž často lepší/rychlejší si to udělat sám, podle svých zvyklostí než se hrabat v nějakých hokus-pokusech a dávat to dohromady. Nějaká klientova evidence v sešitu je mi k ničemu.

každý chce, aby ho zákaznik platil měsíčně, což třeba já nemusim mit za ten měsíc ani žádný příjem

Opět záleží na dohodě. Někdo nosí papíry měsíčně, někdo kvartálně, někdo najednou po skončení roku. Pokud je člověk plátce DPH, musí se pochopitelně přizpůsobit frekvenci podávaných přiznání.

musím vždy vystavovat fakturu, když něco prodám nebo stačí takový ten paragon

Obecně stačí paragon (číslovaný). Pokud jsi plátce DPH, je třeba si hlídat limit pro zjednodušený a běžný daňový doklad.

jak mám rozumět paušálnímu odpočtu

Netuším, co myslíš "paušálním odpočtem".