na kabelech od krabice je to většinou popsáno. Pokud ne, tak za + se považuje barevný kabel, - je bílý nebo černý. Když to zapojíš obráceně, nebude to svítit.

do desky se zapojuje buď HD_audio (pokud jej deska podporuje), nebo na totéž místo AC97. Nenapadlo tě, že když to je nacvaknuté na jednom kabelu, že to je dvojí možnost pro jeden konektor?

Systémový ventilátor zapoj do bližšího portu, je to fuk (jediný důležitý port je CPU_FAN, ten musí být správně zapojen na ventilátor chladiče CPU)