Obávám se že tvoje poškozené boot.ini nemá s bootováním z cd nic společného. Bootování z cd je závyslé na výběru odpovídajícího zařízení z kterého se má zavádět systém na úrovni biosu, tzn. ještě před tím, než počítač začne hrabat na disk a než si všimne nějakého boot.ini, potažmo že v něm něco chybí.