Když se k systému chováš jako bordelář, tak se pak nesmíš podivovat, že v něm máš bordel...
Při používání je potřeba dodržovat určitá pravidla, neinstalovat každou kravinu, pravidelně defragmentovat, atd... Taky není na škodu dělat zálohu celé partition... Pro čištění můžeš zkusit třeba program CCleaner. Pokud máš systém opravdu hodně zaneřáděný, tak pomůže jen kompletní přeinstalace.