nech zapojený jen "vadný" disk, jinak si při své šikovnosti zrušíš i ten druhý.
fixmbr
to je příkaz z konzoly zotavení windows (z jejich bootovacího cd).nakonec vem nějaký partition manager, podívej se v jakém stavu disk vlastně je, případně na něm vytvoř a naformátuj oddíly podle své libosti.