Nero by mělo archivní bit nejspíš mazat automaticky, nevím, chce to vyzkoušet.
Takže vypsat jen adresáře?
Mohlo by ti pomoci toto:
na získaný soubor vypis.txt použij ještě příkaz
sort vypis.txt /o setrideno.txt
V souboru setrideno.txt pak budou všechny adresáře pěkně u sebe, zbytek (údaje o souborech,...) smaž nebo ignoruj.
Právě jsem to zkusil na podadresářovou strukturu s asi 9000 soubory a funguje.