Používat JAKÝKOLIV zálohovací systém nainstalovaný v operačním systému je ... jak to slušně říct ... no, řekněme nevhodné (k čemu je na případně nefunkčním operačním systému?). Na zálohu používám tzv. recovery CD/DVD, z něhož bootuji.
Ale k tvému problému (k čemu dobrá poučení, když se chyba už stala?): Nabootuj instalační CD/DVD a zvol opravnou konzoli. Z ní potom zadej příkazy fixmbr a fixboot (v uvedeném pořadí). To by mělo pomoci.