oddíl pro systém 50gb vytvoříš předem, v čemkoli.
třeba správcem disků na hdd připojeném k jinému pc, fdiskem z win me, partition managerem z libovolného ultimate boot cd, live linuxem ...
formátovat to nemusíš, stačí rozdělení.

Ta zálohovací utilita snad pracuje pouze s disky Seagate a Maxtor,půjde použít,když bude nový disk WD?

zkusíš a uvidíš. jestli má klasickou příponu .tib (true image backup), pak to rozbalíš i jinými verzemi TI na čemkoli, kdyby nefungoval bundlovaný soft.