našiel som toto: http://www.blogsdna.com/4981/batch-convert-bmp-to- png-images-with-transparency-using-transperentpng. htm, ale zjavne robí len s BMP, takže najprv skonvertovať všetko na bmp a potom prehnať uvedeným programom.
Trochu kostrbaté riešenie, ale pri veľa obrázkoch sa to asi aj tak oplatí.