Předpokládám, že schema primárních obvodů odpovídá běžnému zapojení PC zdrojů. Máš správně nastavenou proudovou zpětnou vazbu?
Ono to má, dokud nenastartuje TL494, chodit jako blocking oscilátor s kladnou zpětnou vazbou právě přes to proudové vinutí (proto je také důležitý ten kondenzátor cca 100n v sérii s primárním vinutím hlavního trafa). Jakmile se na filtračním kondenzátoru napájení TL494 nashromáždí dostatečný náboj (tzn. napětí stoupne nad, myslím, nějakých 12V - už si nepamatuji kolik), tak TL494 spustí, drží oba tranzistory v budícím vinutí otevřené (tím se přeruší kladná vazba) a vždycky na dobu aktivního impulsu se jeden tranzistor uzavře. A tak dále. Ten start ti asi správně nechodí.
No, a na usměrnění MUSÍŠ použít ne-schottkyho diodu, protože 90V, do kterého napětí se Schottky dělají, je pro 12V vinutí málo. Oměř si v nějakém PC zdroji úbytek napětí na diodě ve 12V větvi a zjistíš, že to není Schottky, ale rychlá dioda (má vyšší úbytek napětí). To je právě kvůli závěrnému napětí, i za cenu vyšších ztrát.