Ne, víc disků rozhodně nezpomaluje PC, naopak kopírování z jednoho fyzického disku na druhý je rychlejší, než když to máš na jednom fyzickém disku rozdělený na dva logický (virtuální).

Já to udělal takto (a tobě to doporučím stejně) - měl jsem starej IDE 250GB, do novýho PC jsem koupil Sata 500GB, ten jsem rozdělil na 100GB systém a zbytek data. Starej IDE disk jsem do novýho PC zapojil taky, mám ho na filmy a na zálohy. Zálohy dělám vícenásobný, tedy mám je na novým disku, kopie na starým disku a jednou za čas to vypálím na DVD-RAM (jedná se o fotky, ostatní nemá pro mě takovou cenu). Na DVD-RAM to kopíruju proto, že když se náhodou stane a udeří blesk, nebo chcípne zdroj a odnesou to oba disky, abych to měl ještě někde.

A se starým diskem to můžeš dělat ještě tak, že ho prostě necháš v PC, ale nebudeš ho zapojovat. Jednou za čas ho připojíš, uděláš na něj zálohy a zase odpojíš. Disk se tak nikde neztratí a ani nerozbije.