Jde me o to jestli stary vyhodit a novy virtualne rozdelit,nebo nechat oba dva.

To je jedno. Teoreticky jde i swap soubor přesunout na ten starý a na novém mít systém, tím by se to zrychlilo.

Nebude to brzdit pc,kdyz bude skakat z disku na disk?

Ne.Může to i pomoct například něco archivuješ z hlavního disku a ukládáš na pomocný, nebo převádíš video, instaluješ hru z virtuální mechaniky (na starém) na novej.
Akorát z hlediska montáže je dobré nelepit ty disky na sebe aby se nepřehřívaly.

Vpripade dvou Hdd co nechat na tom mensim?

Viz výše. Určitě adresář se zálohama dokumentům,fotek a tak, možná zálohu systému.

Hlavně nekup nějaký green disk a pokud možno s 32mb vyrovnávací cache /wd by měli mít i 5let záruku pokud to nezměnili/.Těch 32mb ale nepomůže až zas tak nějak moc...