Díky za odkaz. Je to dost podobné tomu co jsem našel. Pročetl jsem více stránek a chtěl si to ověřit u někoho kdo je praktik, než se do toho pustím.

Zkusím tedy nastavení:
title Windows (TrueCrypt)
rootnoverify (hd0,*)
makeactive
chainloader (hd0,*)/boot/truecrypt.mbr (to bude to nejdůležitější)
boot