jako kdyby to nemohlo rozpoznat .exe soubory

hehe.
zkopíruj si správce_souborů.exe na správce_souborů.com. no a pak to zabij v paměti, zruš z registrů ...
jestli je zapsán ve větvi HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run tak ho uvidíš jen pod svým účtem.

v nouzovém režimu a pod jiným uživatelem by se ten vir/spyware nemusel spustit - pokud sis ovšem nevypnul uac a nenechal jsi chytře virům přístup k systémovým adresářům a do "all users".
pod jiným uživatelem ho pro změnu odstraníš z Users\Milan\AppData\Local - pokud nemá ještě jinde schovaný obnovovací "autorun".