To je zásadní chyba, nezadat při instalaci administrátorské heslo. Důsledkem je nemožnost přihlásit se ke konzoli(*). Jinak soubor system lze skutečně v konzoli přepsat záložní verzí. Bohužel ta verze z repair je vlastně prapůvodní. Ale pořád lepší, než nová instalace.
Chybějící heslo by se dalo nastavit např. pomocí Offline NT Password & Registry Editor.

* jak se níže ukázalo, asi to mám v hlavě pomotaný... :)