těch vad v instalaci tvých windows bude víc, už to že se připojený disk přestal detekovat není samo sebou.

"Nelze ukončit zařízení Obecný svazek, protože existuje program, který je stále používá"
vypni všechny nesmyslné služby, které chtějí cosi dokola furt indexovat.
druhý možný postup by mohl vést přes registry - když už se po restartu podaří detekovat disk, nastavit mu vlastnost že jde o odpojitelný disk. přesný postup taky záleží i na chipsetu základní desky.

externí disk by možná stálo za to před připojením vyhledat v registrech, a smazat jeho záznam v:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Enum\USBSTOR