volil jsem příkaz chkntfs, který se rovnou naplánuje do "po restartu". je to alternativa k odklikávání chkdsk.

chkntfs /?
Zobrazí nebo změní kontrolu disku při spuštění počítače.

CHKNTFS /C svazek [...]
  svazek         Určuje písmeno jednotky (následované dvojtečkou), přípojný bod nebo název svazku.
  /C             Naplánuje kontrolu jednotky při spuštění počítače. Není-li jednotka čistá, bude spuštěn nástroj chkdsk.