mkvtoolnix v podstatě využívá schopností kontejneru mkv. avidemux, vd apod. jdou na to "editorově"- snaží se video spojit. mkvtoolnix jde na věc "kontejnerově". matroška kontejner je takové malé kapesní dvd video- dáš tam kolik streamů chceš, každý video stream může mít desítky audio streamů, titulků, kapitol, textů... takže toolnix ti vloží proudy do jednoho kontejneru a navenek se to bude jevit jako jeden soubor.