Jednoduché. Protože cílová cesta obsahuje mezery, musíš ji uzavřít do uvozovek. Tvůj příkaz tedy musí vypadat takto:

copy Soubor.bat "C:\Documents and Settings\%username%\Nabídka Start\Programy\Soubor.bat"

a malá poznámka: protože neměníš jméno souboru, stačí napsat jenom cestu, bez toho \Soubor.bat. Chyba to ale není.