Skúsil by som vymazať (resp. radšej pre istotu asi zálohovať na iné miesto) ~/.gconf/apps/gnome-terminal, aby si zrušil všetky nastavenia súvisiace s terminálom.
Ak to nepomôže, tak by som skúsil vytvoriť nového používateľa, či sa to bude rovnako správať aj pod ním.