Takže dva počítače máš normální a fungují a třetí máš bohužel Atom.
No mohlo být hůř..mohl jsi na něm zkuswit rozjet ještě raid 5

První bych se soustředil na

Při kopírování v rámci PC3 dochází také ke značnému zpomalení. Při kopírování dat ze sestémového na raid či naopak kopírovní běž asi první 2-3 vteřiny rychlostí 80MB/s poté se zastaví asi na vteřinu a pokračuje rychlostí od 15 do 20MB/s. To stejné se děje, když se kopíruje pouze v rámci systémového i pouze v rámci raidu.

Podle mě to spolu souvisí. Nevím jak tam máš připojený ty 2tb disky ale zkusil bych si půjčit jiný /vytáhnout z nějakého počítače/. Doufámk že je nemáš připojený k pc3 přes USB...

Předpokládám že problém může být v biosu /neumí to tak velké disky/
průser s čipsetem /nějak to v raidu nedává/
nebo vadný disk /nějaký je vadný tak to brzdí/.

Teoreticky může být v háji i ten systémovej /sice se to nezdá ale podle mých zkušeností to může ovlivňovat/.