Problém může být i v síťovce. Nejjednodušší je otestovat to na nějakém Linuxu.

edit: já mám na jiném atomu (330 - 2-jádro x 2 HT vlákna) postavený media/fileserver/videopřehrávač a se "zeleným" WD běžně dosahuju po síti rychlostí kolem 50MB/s. Podotýkám ale, že firma nvidia je u mně na černé listině a její čipsety okázale ignoruju.